À partir du 1er septembre 2026, les arrêts maladie seront encadrés par de nouveaux plafonds de durée. C’est le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel du 13 juin, qui fixe les règles concrètes d’application de l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (LFSS 2026, loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025).
Le calendrier est désormais gravé dans le marbre : il reste deux mois pour ajuster les pratiques RH et de paie.
Pourquoi cette réforme ?#
Les dépenses d’indemnités journalières (IJ) maladie ont explosé ces dernières années : +28 % entre 2019 et 2023, pour atteindre 11,6 milliards d’euros. Dans un contexte de déficit de la branche maladie de 13,8 milliards d’euros, la LFSS 2026 cible plusieurs leviers. Le plafonnement des durées d’arrêt est l’un des plus structurants, avec une économie attendue d’environ 300 millions d’euros.
L’idée n’est pas de forcer les malades à reprendre le travail, mais d’obliger le prescripteur à renouveler activement et explicitement son arrêt au-delà d’un mois, en assumant une décision médicale documentée.
Les nouvelles règles en trois points#
1. Première prescription : 31 jours maximum#
À compter du 1er septembre 2026, un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme ne pourra pas prescrire un premier arrêt de travail d’une durée supérieure à 31 jours. Cette règle s’applique que la prescription soit réalisée en cabinet, à l’hôpital ou en téléconsultation.
C’est le décret n° 2026-498 (article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale) qui fixe ce plafond à 31 jours — la loi prévoyait un plancher d’« au moins un mois », le gouvernement a donc retenu le minimum strict.
2. Chaque renouvellement : 62 jours maximum#
Si le patient ne peut pas reprendre le travail au terme des 31 premiers jours, le médecin établit une ordonnance de prolongation. Chaque prolongation est plafonnée à 62 jours (deux mois). Il n’existe aucune limite au nombre de prolongations successives : un salarié en longue maladie peut donc enchaîner des tranches de 62 jours sans restriction, à condition que le médecin renouvelle l’arrêt à chaque échéance.
Après 3 mois consécutifs de prolongations, le prescripteur peut saisir le service du contrôle médical de l’assurance maladie — c’est une faculté, non une obligation.
3. La dérogation écrite sur l’AAT#
Le médecin peut dépasser ces plafonds, à condition de justifier par écrit sur l’avis d’arrêt de travail la nécessité d’une durée plus longue, en s’appuyant sur les recommandations de la Haute Autorité de Santé (HAS). Trois motifs sont reconnus :
- La pathologie du patient (ex. : opération chirurgicale complexe avec rééducation longue)
- La nature de l’activité professionnelle (ex. : port de charges incompatible avec la convalescence)
- L’insuffisance de l’offre de soins dans la zone de résidence du patient
Si le plafond est dépassé sans justification écrite, aucune IJ ne sera versée par la CPAM pour la période excédentaire. Pour les employeurs pratiquant la subrogation, c’est un risque de trop-perçu à anticiper.
Ce qui ne change pas#
Les arrêts en cours au 31 août 2026 ne sont pas affectés — seules les prescriptions établies à partir du 1er septembre 2026 entrent dans le nouveau régime. Pas de mise en conformité rétroactive à gérer.
La règle des 3 jours en téléconsultation hors médecin traitant n’est pas une nouveauté de la LFSS 2026 : elle existe depuis février 2024. Un professionnel de santé qui n’est pas le médecin traitant du patient ne peut prescrire, en téléconsultation, un arrêt de travail que de 3 jours maximum, non renouvelable par le même canal. Cette règle n’est pas modifiée.
Mayotte est exclue du champ d’application du décret n° 2026-498.
Nouveauté : les chirurgiens-dentistes aussi#
La LFSS 2026 étend aux chirurgiens-dentistes la possibilité de prescrire des arrêts de travail ouvrant droit aux IJ. C’est une extension notable du droit de prescription, soumise aux mêmes plafonds de 31 et 62 jours.
Ce que ça change concrètement pour les employeurs#
La gestion des dossiers d’absence se fragmente#
Un salarié absent deux mois recevra désormais deux arrêts de travail au lieu d’un seul. Chaque nouveau document déclenche une déclaration d’événement en DSN. Pour les services paie et RH, le volume d’AAT à traiter peut doubler ou tripler pour les longues maladies. Une revue des procédures de suivi est conseillée avant septembre.
La subrogation impose une vigilance renforcée#
Si votre entreprise pratique la subrogation (versement du salaire brut au salarié, remboursement des IJ par la CPAM à l’employeur), vous avancez des IJ que vous récupérez ensuite. Mais si le médecin a oublié de justifier un dépassement de 31 jours, la CPAM ne versera pas les IJ pour la période non conforme. L’employeur reste dans l’obligation de payer le maintien de salaire, mais ne récupère pas les IJ.
À terme, les outils de gestion des absences devront probablement signaler automatiquement les arrêts approchant du 31e jour pour alerter le salarié (et le médecin) avant l’expiration.
Le maintien de salaire : règles inchangées dans leur principe#
La réforme ne modifie pas les règles de maintien de salaire prévues par la loi de mensualisation ou les conventions collectives. L’employeur reste tenu de maintenir le salaire selon les anciennetés et les dispositions applicables.
En revanche, une mesure distincte — en vigueur depuis le 1er avril 2025 — a abaissé le plafond de calcul des IJ de 1,8 SMIC à 1,4 SMIC (soit 41,95 €/jour brut en 2026). Pour les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 SMIC, les IJ versées par la CPAM sont moindres, ce qui augmente mécaniquement la part à charge de l’employeur (ou de l’organisme de prévoyance).
Exemple concret#
Situation : un salarié (2 500 €/mois brut) est arrêté pour une fracture. Le médecin prescrit 45 jours d’arrêt d’un seul tenant le 1er octobre 2026.
Avec la nouvelle règle : la prescription ne peut excéder 31 jours. Le médecin émet un premier AAT de 31 jours (1er octobre → 31 octobre), puis, si l’arrêt doit se poursuivre, une prolongation de 14 jours (1er → 14 novembre). Chaque AAT déclenche une déclaration DSN distincte.
Impact paie : deux événements DSN à gérer. Si le médecin ne mentionne pas de justification sur le second AAT, vérifier que la CPAM valide bien les 14 jours de prolongation avant de verser les IJ par subrogation.
Ce qu’il reste à préciser#
Plusieurs points pratiques restent à clarifier par la CPAM et la DGT dans leurs communications d’ici septembre :
- Le formulaire Cerfa de l’AAT est-il mis à jour pour intégrer un champ « justification de dépassement » ?
- Quelles sont les modalités opérationnelles de contrôle des justifications médicales par les caisses primaires ?
- Comment s’articule la réforme avec les CCN prévoyant des périodes de maintien de salaire supérieures aux délais légaux ?
Comptaverse suivra ces évolutions.
Checklist employeurs — avant le 1er septembre 2026#
- Informer les salariés et les managers : un arrêt long génèrera désormais plusieurs AAT successifs — c’est normal.
- Réviser les procédures de collecte des AAT : chaque AAT doit être transmis sans délai pour déclencher les déclarations DSN et éviter les ruptures de versement d’IJ.
- Paramétrer les alertes dans le SIRH : configurer une alerte à J-5 avant l’expiration du 31e jour pour rappeler au salarié de consulter son médecin.
- Revoir le circuit de subrogation : s’assurer que le pré-paiement des IJ n’est effectué qu’après confirmation de leur prise en charge par la CPAM.
- Sensibiliser les médecins du travail : ils ne prescrivent pas d’arrêts maladie, mais peuvent être un relais d’information utile pour les salariés en arrêt prolongé.
- Vérifier les conventions collectives applicables : maintien de salaire et prévoyance restent régis par les CCN — vérifier l’articulation avec le nouveau régime.
Sources#
- Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025, art. 81 — LFSS 2026 (Légifrance)
- Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 — plafonnement durée arrêts maladie (Légifrance)
- Service-public.fr — La durée des arrêts de travail sera plafonnée à partir du 1er septembre 2026
- Aide-sociale.fr — Réforme arrêts maladie 2026 : tout ce qu’il faut savoir
- Voltaire Avocats — Arrêts maladie : nouveau cadre réglementaire au 1er septembre 2026
- Eurecia — Ce qui change pour la gestion RH des arrêts maladie en 2026
- Staff&Go — Impact paie des nouveaux arrêts maladie
- Éditions Tissot — Plafonnement à 31 jours : ce que les employeurs doivent savoir